Με το Νόμο 2646/98 και σύμφωνα με το άρθρο 26 παρ. 2, το Φιλανθρωπικό Ίδρυμα υπό την επωνυμία ΄΄Εθνικόν Ίδρυμα Προστασίας Κωφαλάλων ΄΄ (ΕΙΠΚ) (α.ν. 726/1937 (ΦΕΚ 228/15-6-1937) μετονομάζεται σε Εθνικό Ίδρυμα Κωφών (ΕΙΚ) και αποτελεί νομικό πρόσωπο δημοσίου δικαίου ΝΠΔΔ, υπαγόμενο στον έλεγχο και την εποπτεία του Υπουργείου Υγείας και Πρόνοιας. Στο άρθρο 26 παρ. 5 εδ. β του ιδίου Νόμου αναφέρεται ΄΄ Οι διατάξεις του α.ν. 725/1937, όπως ισχύουν που αναφέρονται στη σύνθεση του Διοικητικού Συμβουλίου του Εθνικού Ιδρύματος Προστασίας Κωφαλάλων (ΕΙΠΚ), τροποποιούνται ως εξής:
«Το Διοικητικό Συμβούλιο είναι επταμελές, διορίζεται με απόφαση του Υπουργού Υγείας και Πρόνοιας για τρία (3) χρόνια και αποτελείται από:
1. έναν οικονομολόγο, ένα γιατρό ειδικότητας Ωτορινολαρυγγολόγου και ένα εγνωσμένου κύρους και αξιοπιστίας πρόσωπο, που ορίζονται από τον Υπουργό Υγείας και Πρόνοιας.
2. έναν υπάλληλο του Υπουργείου Υγείας και Πρόνοιας που ορίζεται από τον Υπουργό Υγείας και Πρόνοιας.
3. έναν υπάλληλο του Υπουργείου Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων, που ορίζεται από τον Υπουργό Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων.
4. έναν εκπρόσωπο των εργαζομένων στο Ίδρυμα, που ορίζεται από το Δ.Σ του Συλλόγου
5. έναν εκπρόσωπο της Ομοσπονδίας Κωφών της Ελλάδος, που ορίζεται από το Δ.Σ της Ομοσπονδίας.
Με την ίδια απόφαση ορίζεται ο Πρόεδρος του Δ.Σ.»
Με το Ν. 3329/2005 ΚΕΦΑΛΑΙΟ Γ΄ άρθρο 15 στο Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαίου ΄΄ Εθνικό Ίδρυμα Κωφών΄΄, συνιστάται μία οργανική θέση Διοικητή με βαθμό 1ο της κατηγορίας Ειδικών Θέσεων, ο οποίος είναι πλήρους και αποκλειστικής απασχόλησης και ορίζεται με απόφαση του Υπουργού Υγείας κα Κοινωνικής Αλληλεγγύης, με διετή θητεία που μπορεί να ανανεώνεται.
Στο ΕΙΚ και στα Παραρτήματα αυτού, μέχρι τον Αύγουστο του 2008 λειτουργούσαν Ειδικά Δημοτικά Σχολεία και Οικοτροφεία. Το Οικοτροφείο του Παραρτήματος ΕΙΚ Θεσσαλονίκης εξακολουθεί και λειτουργεί μέχρι και σήμερα.
Με το Ν. 3194/2003 ιδρύονται, στις εγκαταστάσεις του ΕΙΚ, σχολικές μονάδες ειδικής αγωγής (ΣΜΕΑ) που υπάγονται στο Υπουργείο Εθνικής Παιδείας και Θρησκευμάτων και το 2008 το Εκπαιδευτικό και Ειδικό εκπαιδευτικό προσωπικό του ΕΙΚ εντάχθηκε στις ανωτέρω ΣΜΕΑ.